Αποστολή της Ομοσπονδίας Εργατοϋπαλλήλων Κυβερνητικοστρατιωτικών και Δημοσίων Υπηρεσιών της Συνομοσπονδίας Εργαζομένων Κύπρου (ΟΕΚΔΥ ΣΕΚ) είναι η οργάνωση και συνένωση όλων των εργαζομένων στους τομείς που καλύπτει η Ομοσπονδία με σκοπό τη βελτίωση των οικονομικών και κοινωνικών συνθηκών τους, την καταπολέμηση κάθε είδους διάκρισης στους χώρους εργασίας, και την εξασφάλιση ίσης μεταχείρισης και ευκαιριών για όλους τους εργαζομένους. Επιδιώκει επίσης την εξασφάλιση πλήρους απασχόλησης των εργατοϋπαλλήλων που ανήκουν στη δύναμη των Σωματείων μελών της, της ελεύθερης επιλογής εργασίας, προσωπικής ασφάλειας, και της ελεύθερης διαπραγμάτευσης των όρων απασχόλησης.
Προωθεί πολιτικές και ενέργειες για τη βελτίωση της ασφάλειας, υγείας και ευημερίας των εργαζομένων. Παρέχει πληροφόρηση προς τα μέλη της σε τακτή βάση για όλα τα θέματα που τους επηρεάζουν και προωθεί τη δημιουργία σχεδίων και μηχανισμών για την οικονομική και κοινωνική ευημερία των μελών της.
Ενεργεί για ενδυνάμωση των σχέσεων της τόσο με τα μέλη όσο και με τους εργοδότες στοχεύοντας στη δημιουργία συνθηκών και μηχανισμών επίλυσης όλων των εργατικών διαφορών που προκύπτουν στους χώρους που δραστηριοποιείται η Ομοσπονδία και τα Σωματεία της.
Συνεργάζεται με την κυβέρνηση και τους Δημόσιους Οργανισμούς, για τη βελτίωση της παραγωγικότητας με σκοπό την παροχή προσβάσιμων και ποιοτικών Δημοσίων Υπηρεσιών για όλους τους πολίτες.
Η Ομοσπονδία αποφασίζει και ενεργεί μέσα στα πλαίσια του Καταστατικού της, του Καταστατικού της ΣΕΚ και του Νόμου σε απόλυτη ανεξαρτησία από τους εργοδότες, κυβέρνηση, πολιτικά κόμματα ή άλλες εξωσυνδικαλιστικές επιρροές.
Εκπροσωπεί τα Σωματεία μέλη της, και τους εργατοϋπαλλήλους μέλη της σε όλα τα ζητήματα, τεχνικού, ασφαλιστικού, διοικητικού, οικονομικού, κυβερνητικού και κοινωνικού ενδιαφέροντος που αφορούν τη βελτίωση και διασφάλιση της θέσης των εργαζομένων.
Αντιπροσωπεύει τα Σωματεία μέλη της στη νομοθετική, εκτελεστική και δικαστική εξουσία του κράτους, και στη σύναψη συλλογικών συμβάσεων εργασίας, και γενικά βοηθά τα Σωματεία της για εκπλήρωση των σκοπών τους.
Επιδιώκει την οργάνωση όλων των εργατοϋπαλλήλων της Νήσου που ανήκουν στη δύναμη των Σωματείων μελών της και την ανάπτυξη σ’ αυτούς επαγγελματικής συνείδησης και γενικότερα συνείδησης του Ελεύθερου Δημοκρατικού Συνδικαλισμού.
Μελετά τα επαγγελματικά, οικονομικά και κοινωνικά προβλήματα και παρακολουθεί την εργατική και κοινωνική νομοθεσία της Κύπρου καθώς και τη διεθνή νομοθεσία.
Συγκεντρώνει όλα τα στοιχεία όρων εργασίας και βιοτικού επιπέδου και ενεργεί με συλλογικές διαπραγματεύσεις για την κατοχύρωση της θέσης των εργαζομένων που ανήκουν στη δύναμη των Σωματείων μελών της.
Παρακολουθεί και συνεργάζεται με τα αρμόδια όργανα για την εφαρμογή των εργατικών νόμων, των συλλογικών συμβάσεων, των ασφαλιστικών θεσμών και των διαιτητικών αποφάσεων.
Ενημερώνει τα μέλη της για όλα τα θέματα που αφορούν τους εργαζόμενους και για το σκοπό αυτό εκδίδει διαφωτιστικό και ενημερωτικό υλικό, οργανώνει τακτικές διαλέξεις και διαφωτιστικές εξορμήσεις παγκύπρια, όπως και οτιδήποτε άλλο κριθεί ανάγκη για την εκπλήρωση των σκοπών της.
Φροντίζει για την επιμόρφωση, των εργατοϋπαλλήλων μελών των Σωματείων της για ευρύτερη πνευματική, τεχνική και οργανωτική ανάπτυξη τους.
Εγκρίνει και υποστηρίζει νόμιμες απεργίες των Σωματείων μελών της, οι οποίες γίνονται σύμφωνα με τη διαδικασία που προνοούν τα καταστατικά τους και αφού εξαντληθούν όλα τα ειρηνικά μέσα.
Νόμιμες απεργίες που κηρύσσονται από άλλες Συντεχνίες μη μέλη της, τοπικές ή παγκύπριες μπορεί να τις εγκρίνει και υποστηρίξει όταν κρίνει σκόπιμο και αφού ο σκοπός τους δεν είναι αντίθετος με τη γραμμή των Ελεύθερων Εργατικών Συνδικάτων.
Συνεργάζεται με τα Ελεύθερα Συνδικάτα όλου του κόσμου και συμμετέχει σε διεθνή συνέδρια, συνδιασκέψεις και άλλες δραστηριότητες.